El inicio del Centro Educativo El Manzanillo se remonta 90 años atrás, en el sitio llamado la Higuera, por lo cual fue llamada “Escuela De La Higuera”, según informe de una exalumna, habitante del sector. En su relato recuerda la época en la que su madre estudiaba en dicha escuela (1910), llevaba sus tareas en hojas de chagualo (árbol de la región) y que solo existían 1° y 2° grado. Pero lastimosamente en la Secretaria de Educación Municipal no reposa documentación de dicha época.
En 1913 la escuela fue trasladada para la casa donde hoy funciona el restaurante escolar, en un terreno donado por el señor Enrique Agudelo; ésta casa constaba de un salón grande que fue empleado como aula para los grados primero y segundo, separadas en el centro por un tablero de pie, además, la casa contaba con un pequeño cuarto utilizado por el profesor como dormitorio, una cocineta y una letrina.
En esta época recibe el nombre de “Escuela Rural Alterna El Manzanillo” y los alumnos alternaban sus clases así: Niñas un día, niños otro día; para ese entonces los alumnos contaban con pizarras personales las cuales utilizaban para escribir.
En 1928 el municipio de Medellín recibe la escritura Nº 2449 de agosto 17 del mismo año que le acreditó y otorgó el derecho sobre dicho terreno.
En 1950 se reestructuró el horario de asistencia de los alumnos de manera que las niñas asisten en la jornada de la mañana y los niños en la jornada de la tarde.
En 1959 según ordenanza # 21 de noviembre 28 del mismo año, se ratifica la creación del establecimiento como plantel departamental.
